違いはいろいろありますよ。主なものを並べてみました。
①　知名度：　　株式＞合同
②　役員の任期：　　株式：最長１０年。合同：特になし。
③　設立時の実費（電子定款・認証を利用。資本金1000万以下の場合。）
株式：約20万5000円。合同：約6万3000円。
★「実費」です。司法書士報酬は別途必要です。
④　配当の分配比率：
株式：出資金額に応じた配当の必要あり。合同：自由に定めることが可能。
⑤　決算公告：　　株式：必要。合同：不要。
⑥　会社の意思決定：
株式：日常業務は取締役の判断でOK。
重要な決定は株主の出資割合に応じて決議。
合同：日常業務も重要な決定もすべて出資者一人１票。
３人なら、２人が賛成すればなんでも決定できる。
⑦　決算書類の開示：
株式：公告義務があるので、世間に開示する必要あり。
その代わり、決算書を債権者にいちいち見せなくてよい。
合同：公告義務がないので、世間に開示しなくてよい。
その代わり、債権者から請求されたら決算書を見せないといけない。